《巴山女红军》主要讲述中国工农红军第红四方面军妇女独立团在川陕革命根据地的那一段辉煌历程，是对当年三千多名年轻的女红军战士人生亲情与爱情、成长与苦恼、理想与冲突的多视角的展示。红四方面军在川北创建了苏维埃政权，以苦妹子、小莲为首的一大批童养媳纷纷报名参加了红军，积极参加打土豪分田地的斗争。苦妹子在一次战斗中英勇牺牲，小莲随妇女独立团配合红四方面军主力北上……

影片讲述了上世纪三十年代建立川陕革命根据地时期，大巴山农民付家林等人在党和红军的感召下，在斗争和战斗中成长，完成了从普通农民到坚强战士的转变，最后为革命事业付出了献血，乃至献出了自己宝贵生命的故事。

“四人帮”横行时期，被关押了六年的诗人秋石在专案人员李彦、刘文英的押送下，秘密登上由四川开往武汉的江轮。在与他们同舱的旅客中，有卖身还债的农村姑娘杏花，有来川江祭奠在武斗中丧生的儿子的老大娘，有以玩世不恭的态度表露爱憎的青年工人宋敏生，有被折磨得有如惊弓之鸟的京剧演员关盛轩。还有一个溜上船的小女孩，好像在寻找着什么。乘警老王得到女孩的信任，始知她是秋石的女儿娟子。秋石与舞蹈演员柳姑相爱，他被捕入狱后，柳姑生下女儿，但没等到秋石出狱，她就离开了人世。在正直的船长和政委的帮助下，父女俩终于见了面。善良战胜了邪

1939年冬，日军进攻巴山县城，国民党警卫营营长李昌鹏奉命抵挡，掩护大部队撤离，农村妇女武喜春差点遭到日军强奸，幸得李昌鹏相救。警卫营在抗击日军中，几乎全军覆没，李昌鹏灰心丧气，武喜春带来巴山游击队从后方袭击日军救出李昌鹏。为了掩护武喜春的家人撤离，巴山游击队队长朱山坡在战斗中牺牲，武喜春断发起誓要和日军作战到底。武喜春在战斗中，一点一点把抗日队伍发展壮大，成立了猎豹抗日支队，她和李昌鹏带领游击队对日军进行了一次次致命的打击，谱写了可歌可泣的民族抗战史诗。

1958年秋天，正是全国大炼钢铁时期，大巴山岭南、岭北两县掀起大炼钢铁的高潮。岭北铁厂是厂长范启光白手起家建立起来的，几年来成绩显著，生产指标月月向上。但范厂长自恃有功，滋长了骄傲自满的情绪，追求个人名利，搞形式主义。副厂长兼党支部书记秦桂兰上任后，与范厂长的错误思想做针锋相对的斗争，引起范厂长的极大不满。这时岭南也建立了铁厂，但既无设备又缺乏技术人才，因此，他们派人到岭北去求援，但范厂长本位主义思想严重，以两厂不是一个系统为名拒绝派人帮助。秦桂兰坚持社会主义大协作的原则，并得到县委的指示，为岭南铁厂派出